Pod vlivem Velké francouzské revoluce a industrializace Evropy vznikala v Anglii ve 20. letech 19. století tzv. buditelská hnutí. Na mnoha místech se scházeli angažovaní křesťané, aby na základě Bible a modlitby nově přemýšleli o křesťanské víře. Hlavní myšlenkou těchto buditelských kruhů byl brzký opětovný příchod Ježíše Krista a návrat k původním křesťanským zásadám. Ve 30. letech 19. století se z těchto hnutí vyvinuly první obce. Do roku 1835 bylo na základě proroctví povoláno dle biblického vzoru dvanáct apoštolů.
Tito apoštolové měli vést nově vzniklou Katolicko-apoštolskou církev až do doby bezprostředně předcházející novému příchodu Krista. Na základě podnětů z Anglie vznikaly v následujících letech další nové katolicko-apoštolské obce i v Německu.
Když v roce 1855 tři z dvanácti apoštolů zemřeli, začaly panovat neshody o tom, zda mají být povoláni apoštolové noví, nebo zda je třeba se podřídit běhu událostí. Rozdílnost názoru na tyto a další otázky vedly v roce 1863 v Německu k založení „Všeobecné křesťanské apoštolské mise", z níž nakonec vzešla „Novoapoštolská obec“. Název Novoapoštolská církev se používá od roku 1932.
Apoštolský úřad si Novoapoštolská církev zachovala od svých počátků. Od roku 1897 za působení apoštola Friedricha Krebse vzniká úřad kmenového apoštola, který zastává sám Krebs až do své smrti v roce 1905. Od té doby je duchovní hlavou v Novoapoštolské církvi kmenový apoštol, který udává směr v otázkách teologických a zároveň je považován za garanta církevní jednoty.
Dodnes byli kmenovými apoštoly v Novoapoštolské církvi: Friedrich Krebs, Hermann Niehaus, Johann Gottfried Bischoff, Walter Schmidt, Ernst Streckeisen, Hans Urwyler, Richard Fehr, Wilhelm Leber a Jean-Luc Schneider.
Kmenový apoštol Richard Fehr (1939 – 2013) rozšířil misijní aktivity Novoapoštolské církve do všech světadílů. Za jeho působení vzrostl počet členů na téměř 11 milionů. Velice si zakládal na dobrém vztahu s ostatními křesťanskými církvemi.
Kmenový apoštol Fehr se v roce 2000 vyjádřil takto: „Vážně se zabývám otázkou ekumenickou, a proto jsem založil speciální projektovou skupinu, která má vypracovat návrhy, jak v této otázce v budoucnu postupovat: Vydáme se cestou ekumenickou, nebo ne? Já osobně se přikláním k otevření se církve."
Pozvolné přizpůsobování se novým rámcovým podmínkám se projevilo také tím, že v době působení kmenového apoštola Fehra byla kromě mnoha dalších novátorských počinů nahrazena stávající Lutherova Bible z roku 1912 novým, upraveným vydáním z roku 1984. O velikonočních svátcích 2005 vyšel nový aktuální zpěvník, který nahradil dosavadní 75 let používaný starý zpěvník.
Kmenový apoštol Wilhelm Leber – narozen 1947 – dál rozvíjel snahy o novou duchovní orientaci směrem k moderní, otevřené církvi, jež má své místo ve spektru křesťanských společenství.
„Přeji si nenucený vzájemný vztah. Chceme dosáhnout opravdu pěkného vzájemného vztahu, nezávisle na individuálních představách a náboženském přesvědčení, chceme se vzájemně respektovat, hledat to, co nás spojuje, a na tomto základě přispívat k celkovému posílení křesťanství ve světě, v němž jsou křesťanské hodnoty čím dál více opomíjeny."
Za působení kmenového apoštola Lebera byl také vydán Katechismus Novoapoštolské církve (v prosinci 2012 vyšel v německém jazyce a následně v dalších jazykových mutacích). Toto dílo, na němž se několik let intenzivně pracovalo, detailně popisuje novoapoštolské učení a ve 13 hlavních kapitolách prezentuje své postoje k různým tématům.
Kudy se bude ubírat další vývoj církve? Při všech výzvách, které s sebou šíření novoapoštolské víry přináší, zůstává hlavní náplní novoapoštolské věrouky víra v trojjediného Boha, opětovný příchod Pána Ježíše Krista a působení apoštolského úřadu.